Доброе утро!
Много вариантов.
1. Неисправные ключи, или они не mifare. Вы пробовали эти ключи с другими считывателями? У вас карты, или брелки? Данный считыватель предназначен для работы с брелками, с картами может падать дальность.
2. Считыватель в защищенном режиме и часть ключей прописана, а часть нет.
3. Разная дальность считывания у ключей, одни схватываются считывателем, другие нет. На каком расстоянии считываются рабочие ключи? Если считыватель на металле, то можно попробовать отодвинуть считыватель от железа и проверить не рабочие ключи.
От прошивки и другого оборудования считывание не должно зависеть, разве что от блока питания.
Удачи.