Что в этот момент пишет в событиях Guard Commander? Если - "открыто кнопкой", то отключите провода от EXIT на всех контроллерах и посмотрите, если перестали дурить, ищите кто шалит, провода, реле, наводки. Какая примерно общая длина всех проводов на EXIT? Так же есть вероятность, что дурит блок питания. Если с EXIT не поможет попробуйте отключить нагрузку (все замки) если это поможет, значит блок не тянет нагрузку. Ну и совсем невероятное, программный глюк, для проверки отключите конвертор от компьютера.
Кстати, при нажатии общей кнопки при сигнале "пожар" двери конечно разблокируются, но только на установленное время открывания (от 3 до 30 секунд). Лучше прошейте прошивку для Matrix-II Net, поддерживающую подключение пожарного датчика вместо кнопки выхода, или "Extended" там есть нормальный пожарный режим.
Удачи.