Любопытство победило, залез в монтажную коробку, вытащил старый контроллер, считал с него данные заново. Карты считываются без пометок об их статусе. Так и должно быть?
В любом случае, это уже лучше. Ибо, собственно, считать надо было один раз, чтобы не бегать и не собирать у всех уже розданные ключи, дальше все контроллеры будут программироваться из базы.