Добрый день!
Варианта три-
1. При попытке перепрошить, вы не забыли выйти из прграммы плэйскарт, может это она занимала порт считывателя?
2. Запускаем програму прошивки от имени администратора. Щелкаем правой кнопкой по файлу прошивалки и запускаем ее от имени администратора.
3. Считыватель неисправен.
Удачи.