Добрый день!
Единственный похожий вариант, который встречался, это когда одна, или несколько карт прописаны как блокирующие.
Периодически, при проходе, пользователи включают режим блокировки. В этом режиме, на простые карты контроллер выдает длинную серию коротких сигналов и не открывает дверь.
Когда опять будет данная ситуация попробуйте сделать одно касание мастер картой (один длинный сигнал), потом убираем карту и ждем выхода из режима программирования (серия коротких сигналов). Если после этого карты станут открывать дверь, то это ваш вариант, нужно вычислить и удалить блокирующие карты. Моргания красным светодиодом при открывании быть не должно.
Лучше всего сделать полную очистку памяти (с помощью перемычки) и прописать все по новой (добавление простых карт делается коротким касанием). А просто отключение и включение питания не помогает? Может шуметь блок питания, когда перестанут открывать карты, попробуйте отключить нагрузку (замок) Если не поможет, то в ремонт.
Удачи.