Встроенная учетная запись "Администратор" отключена, но все операции проводились в аккаунте пользователя входящем в группу "Администраторы".
Спасибо разобрался!
Ух ты, как забавно! Оказывается, не достаточно войти в систему с правами администратора, нужно было запустить программу в режиме "Запуск от имени администратора" (контекстное меню проводника по правой кнопке мыши).
Хотя не совсем понятно зачем такие усилия, если для доступа к COM портам абсолютно не требуется административных прав. Тот же гипертерминал 2005 года выпуска видит список COM портов системы и подключается к Вашему устройству как под пользователем с правами администратора, так и под обычным пользователем, а ваше приложение не видит COM порты системы. Видимо для получения списка COM портов Ваше ПО использует "особые" функции API Windows.
Если есть желание могу помочь диагностировать проблему, как вариант Вы пришлёте ПО в котором опрос COM портов выполняется разными функциями API, а я отпишусь которая из них работает.
Если переделывать ПО не будете, добавьте в инструкцию, что административных прав пользователя не достаточно, а обязательно нужно запускать программу в режиме "Запуск от имени администратора" (контекстное меню проводника по правой кнопке мыши).