Добрый вечер!
Какая программа? По какому протоколу подключен считыватель, iButton, Wiegand, попробуйте поменять отображение (шестнадцатеричное, iButton, Wiegand). То что физически карты разные ни о чем не говорит. Возможно это болванки с прошитым одинаковым кодом. Попробуйте в автономном режиме, без программы, подключить считыватель по iButton, очистить память контроллера, прописать мастер карту, после выхода из режима добавления мастер карт, попробуйте коснуться остальными картами. Если и они то же станут мастер картой, то коды в картах одинаковые.
Удачи.