Какая версия GuardCommander?
Какая конфигурация Z5RWeb (конфигурационный файл)? Может быть включен режим X2 или JOIN, которые GuardCommander не поддерживает.
Но считыватели и контроллер на новые ключи не реагируют.
Посмотрите, пожалуйста, в GuardCmd какой номер ключа, поднесенного к считывателю, в "Мониторе событий" и какой в списке ключей.
Еще особенность, при считывании ключей с контроллера, то отображаются мастер ключи, то нет.
Т.е. на вкладке "Ключи" после считывания ключей кнопкой "Считать всё" считываются мастер-ключи, а если сразу повторно считать ключи той же кнопкой, то мастер-ключи не считываются?
Возможно, поможет обновление прошивок Z5RWeb на актуальные версии.
Пришлите, пожалуйста, лог файл. Нужно включить запись лог.файла в GuardCmd -> нажать клавишу F12 -> на вкладке "Интерфейс" установить флаг "Писать лог программы". Затем воспроизвести проблему: запишите ключи и считайте их несколько раз, чтобы проявилось пропадание мастер ключей, после этого пришлите "GuardCmd.log" и номер мастер-ключа.
