Пропуск по картам не зависит от связи с программой. Если контроллер отваливается от программы, то он работает как автономный и пропускает по тем же картам по которым пропускал и ранее. Потому напрашивается вариант, что контроллер полностью вырубается. Тем не менее вы видите события про неизвестные карты. Т.е. контроллер продолжает работать и накапливать события, но почему то не узнает карты. Какие то взаимоисключающие симптомы.
У вас один источник питания на оба контроллера? Возможно вырастает уровень помех (шумов) и контроллер не верно принимает код карты от считывателя и теряет связь с программой. А это чаще всего из за проблем с питанием.